多位点序列分型（MLST）是一种基于核酸序列测定的细菌分型方法，通过PCR扩增多个管家基因内部片段，测定其序列，分析菌株的变异，从而进行分型。MLST被广泛应用于病原菌、环境菌和真核生物中。

MLST分析方法：MLST技术针对看家基因设计引物对其进行PCR扩增和测序，得出每个菌株各个位点的等位基因数值，然后进行等位基因图谱(allelic profile)或序列类型(sequence types，STs)鉴定，再根据等位基因图谱使用配对差异矩阵(matrix pair-wise differences)等方法构建系统树图进行聚类分析。

MLST分析方案设计要素：（1）选择经过初步筛选的菌株；（2）选择具有独特特征的基因位点；（3）设计用于基因扩增和序列测定的引物。实际运用中，对于已有的成熟MLST方案的细菌，可直接从MLST数据（http://pubmlst.org/）中获取分型方案。