细菌的分类方式有多种，按遗传学特性分为真细菌和古细菌。按照形态结构分为球菌、杆菌、螺旋菌；按细胞壁成分分为革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌；按生存方式分为自养菌、异养菌；按代谢类型分为好氧菌、厌氧菌、兼性厌氧菌。

细菌的分类单元分别是1、属，2、种，3、株。一个原核生物的种是一群具有表型特征高度相似、亲缘关系极其相近、与同属其它种有明显差异的个体的总称。菌株是不同来源的某一种细菌的纯培养物。在同一菌种下的不同菌株之间，性状可能存在很大差异，只将细菌区分到菌种层面已无法满足对常见病原菌进行监测的需求。

根据菌株的各种不同特征进行分类。如：生物型：具有特殊的生物化学或生理特性。

化学型：能产生特殊化学物质的菌株群。

培养型：具有特殊培养性状的菌株群。

形态型：具有特殊形态特征的菌株群。

致病型：对一种和多种寄主有致病性的菌株群。

噬菌型：对噬菌体有特异性反应的菌株群。

血清型：具有特殊抗原特征的菌株群。