1、样本采集

样本种类主要有鼻咽拭子、鼻咽吸取液、血清等。卡他期或痉咳期早期患者建议采集鼻咽拭子，持续咳嗽2~3周或以上的患者建议开展血清学检测。

2、实验室检测

2.1百日咳鲍特菌分离培养

细菌培养优先采集鼻咽拭子,其次为鼻咽吸取液。采集鼻咽拭子后，可直接接种培养基，也可经增菌培养后接种，增菌可提高培养阳性率。培养基一般为含选择性添加剂的鲍-金培养基(B-G培养基)或木炭琼脂培养基(R培养基)平板。如不能立即接种，需将鼻咽拭子放入转运管中，4℃冷藏运送至实验室，分区划线接种后35~37℃培养，每日检查有无疑似菌落，连续观察3~7d，若无任何细菌生长痕迹，第7d可报告百日咳鲍特菌阴性。若有疑似菌落生长，及时挑取疑似菌落，在不含选择性添加剂的B-G培养基或R-L培养基平板上进行纯菌分离培养。

2.2百日咳鲍特菌核酸检测

核酸检测优先采集鼻咽拭子，其次为鼻咽吸取液，也可使用培养接种后的拭子进行核酸检测。为提高核酸检测阳性率，建议单独采样。将拭子在无菌生理盐水或磷酸盐缓冲液中洗脱，离心去除上清液，沉渣提取DNA，用于核酸检测；如不能立即提取，可-70℃保存备用。

2.3血清学检测

适用范围百日咳鲍特菌血清学检测不适用于婴幼儿、1年内接种含百日咳成分疫苗和既往感染的个体。

常用的血清学检测方法是酶联免疫吸附试验(ELISA)，以双份血清或单份血清的PT-IgG抗体为检测指标。

2.4全基因组测序

全基因组测序参照国家致病菌识别网《细菌纯培养物二代基因组测序操作规范》《细菌纯培养物二代加三代基因组测序操作规范》执行。