新陈代谢，是活的生物体内进行的各种化学反应的总称。一方面将较大的、复杂的分子分解成较小、较简单的分子并释放能量，称为分解代谢；一方面以简单的小分子物质为前体，消耗能量合成复杂的生物大分子，称为合成代谢。

微生物在代谢过程中产生其生命活动所必需的初级代谢产物、能量，此外某些微生物还会产生次级代谢产物，如抗生素、毒素、色素、激素、生物碱等。

将营养物质转换成细胞结构物质、维持微生物正常生命活动的生理活性物质或能量的代谢，称为初级代谢。初级代谢的产物称为初级代谢产物，如氨基酸、核苷酸、蛋白质、多糖、脂类等。初级代谢普遍存在于一切生物中，在这些物质转化过程中的任何环节发生障碍，都有可能引起生长停止，甚至导致机体发生突变或死亡。

次级代谢是指微生物生长到稳定期前后，以结构简单、代谢途径明确、产量较大的初级代谢物作前体，通过复杂的次级代谢途径所合成各种结构复杂的化合物的过程。次级代谢产物往往具有分子结构复杂、代谢途径独特、在生长后期合成、产量较低、生理功能不很明确(尤其是抗生素)及其合成一般受质粒控制等特点。根据次级代谢产物的作用不同，可将其分为:抗生素、色素、毒素、生物碱、激素及维生素等类型。

初级代谢贯穿于生命活动的始终，与菌体生长平行进行。微生物的次级代谢是生理、生化状态的体现，通常次级代谢产物是在菌体生长后期或稳定期开始形成的。这些次级代谢产物除了有利于这些微生物的生存外，还与人类的生产与生活密切相关。