基孔肯雅病毒属于披膜病毒科甲病毒属，病毒颗粒呈球形，有包膜，直径为60～70nm，只有1个血清型。基因组为单股正链RNA，长度约11.8kb，内含单一可读框依次编码4种非结构蛋白和5种结构蛋白。根据病毒基因组遗传进化分析，分为3个基因型，分别为西非型、东-中-南非型和亚洲型，其中东-中-南非型病毒突变形成的印度洋分支（IOL）病毒株，更易于经白纹伊蚊叮咬传播。基孔肯雅病毒对热敏感，56℃30分钟可灭活；不耐酸，70％乙醇、1％次氯酸钠、脂溶剂、过氧乙酸、甲醛、戊二醛、酚类、碘伏和季铵盐化合物等消毒剂及紫外照射可灭活。

基孔肯雅热急性期患者、隐性感染者和感染病毒的非人灵长类动物。大多数患者在发病当天至发病后7天内具有传染性。主要通过携带基孔肯雅病毒的伊蚊（主要为白纹伊蚊和埃及伊蚊）叮咬传播。可发生母婴传播。罕见情况下可经输血或接触患者血液传播。人群对基孔肯雅病毒普遍易感。人感染病毒后可获得持久免疫力。

我国白纹伊蚊分布范围广泛，适合病毒快速传播的蚊媒活跃期长，存在“输入性病例-本地传播流行”模式。2010-2019年，我国发生4起基孔肯雅热境外输入继发本地病例，其中2010年广东东莞、2019年云南瑞丽发生聚集性疫情。2025年7月，广东佛山发生境外输入继发聚集性疫情。

病毒可直接侵入关节，在关节内复制，也可直接感染人成骨细胞、滑膜、腱鞘、肌肉中的巨噬细胞和成纤维细胞，导致促炎细胞因子、趋化因子释放、白细胞募集、凝血因子与补体相关蛋白失调，造成成骨细胞功能受损、骨质破坏，并可引发全身性感染和多器官损伤。慢性关节炎发病机制未完全明确，可能与病毒驱动炎症反应及T细胞持续激活相关。目前我国尚无可供使用的基孔肯雅病毒疫苗。预防主要措施包括及时清除蚊虫孳生地，降低蚊媒密度；个人应使用蚊香、驱避剂、蚊帐等方式驱蚊、灭蚊和防蚊；前往基孔肯雅热流行区的旅行者要提高防范意识，防止在境外感染基孔肯雅热。