百日咳鲍特菌简称百日咳杆菌，在细菌分类学上属鲍特菌属，是引起百日咳的病原菌。其传染性强，易引起儿童严重的细菌性呼吸道传染病。

百日咳咳鲍特菌为菌革兰阴性短小杆菌，单个或成双排列，无芽孢，专性需氧，不分解糖类，不产生靛基质。营养要求很高，专性需氧，生长过程中需要添加血液或淀粉。初次分离用含甘油、马铃薯、血液的鲍-金培养基，形成细小、光滑、隆起、有珠光色泽的菌落，周围有不明显的溶血环。新分离菌株为光滑型，有荚膜，称工相菌，具有菌体(O)和表面(K)抗原。人工培养后可发生变异，表现为荚膜和菌毛的逐渐消失，形态、菌落、溶血性、抗原结构、致病力等也全面变异。