无菌室的灭菌方式一般分为:紫外线照射、臭氧灭菌和化学熏蒸。

紫外线照射:紫外线灭菌是利用适当波长的紫外线破坏微生物机体细胞中的DNA或RNA结构，造成生长性细胞死亡来达到灭菌效果属于一种物理方式的灭菌，也是我们微生物检测无菌室最常用的灭菌方式。该方法操作简单使用方便，也比较经济，可以杀灭各种微生物，包括细菌、病毒、真菌、立克次体以及支原体等，因此在实验室里，是最常见的灭菌方式。但是紫外线只能对直接照射到的微生物起到杀灭作用，一些照射不到的死角或者物品的内部是无法达到效果的。

臭氧灭菌:臭氧是一种强氧化剂，灭菌过程属生物化学氧化反应。使用臭氧灭菌，杀菌彻底，无残留谱，可杀灭细菌繁殖体和芽孢、病毒、真菌等，并可破坏肉毒杆菌毒素。臭氧灭菌也是目前被广泛使用的灭菌方式。

化学熏蒸:化学熏蒸是一种十分传统的空间灭菌方式，一般是采用易挥发气化的化学物质的蒸汽对空间微生物进行杀灭的目的，一般常用甲醛、戊二醛°、过氧化氢、过氧乙酸等。