多管发酵法的操作流程相对简单且标准化，主要包括以下几个步骤：

样品采集与处理：首先，需要采集待检测的水样，并根据水样的污染程度选择合适的接种量。这一步骤对于后续的实验结果具有重要影响。

初发酵实验：将水样加入含有乳糖蛋白胨培养基的试管中，并置于37±0.5℃的培养箱中培养24小时。在这一阶段，大肠菌群会利用乳糖进行发酵，产生酸和气体。初发酵管24h内产酸产气和48h产酸产气的均需进行平板分离。

平板分离：采用伊红美蓝琼脂平板，使大肠菌群产生带核心的、有金属光泽的深紫色菌落。 

复发酵验证：以上阳性菌落，经染色为革兰氏阴性无芽孢菌者，再次进行初发酵试验，经24h培养产酸产气的，最终确定为大肠菌群阳性结果。