光源 ：荧光强度基本随激发光强度增强而增强，因此，高能闪烁氙灯的使用大大提高了灵敏度。脉冲氙灯只在测量时闪烁，一方面延长了灯的寿命，另一方 面避免了连续光源长时间照射引起的光敏样品的光降解和生物 样品。
探测器：PMT光电倍增管信噪比大，每个通道只能读取分立式谱，灵敏度高，疲劳恢复快。CCD面阵式检测噪音低，信号同步测定，可以读出一段光谱区域内的连续光谱CCD，但CCD在响应速度、温度稳定性等方面却不如PMT。一般以PMT为探测器的光谱仪价格高于CCD光谱仪，常见于以单光子技术为基础的高端仪器。
分光系统（棱镜单色器/光栅单色器）,一般光栅单色器分辨率较高。另外,分光系统的中的狭缝，是影响分辨率和控制色散的关键因素。优秀的光谱仪如PE，激发狭缝为2.5nm，步进为0.1nm。但狭缝也需要和整个系统匹配，如果狭缝小到严重影响该光电响应的灵敏度，也就导致光子信号太弱而无法形成有效光谱。
样品池, 荧光仪用的样品池需用低荧光的材料制成，通常用玻璃和石英材料，形状以方形和长方形为宜。
样品本身，如化合物组合的复杂程度，共轭分子间元素和形态相似性等，还有溶液的PH值，温度等。
非线性：荧光发射与吸收在一定区间内呈线性关系，如果样本量太大或光路角度没有最优等其他因素导致两者关系超出线性范围，就会对量性判定造成很大误差。
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