军团菌初筛包括平板生长试验、革兰染色镜检，生化试验。

（1）平板生长试验

将可疑菌株接种到BCYE和BCYE-CYS（或血平板）两种培养基上。观察菌株生长情况。（军团菌不在BCYE-CYS或血平板上生长）。在BCYE培养基上生长，可能为军团菌。而在BCYE-CYS（或血平板）两种培养基均生长者不是军团菌。

（2）革兰染色镜检

军团菌是革兰染色阴性，浅红色的短杆菌，直径0.3μm～0.5μm，长约1.2μm～5μm或更长，菌体一端有鞭毛，长时间培养后鞭毛可能变成长丝状。

（3）生化试验

①触酶试验

挑取一环（10µL）BCYE琼脂上对数生长期的细菌，于洁净玻片上，加1滴新鲜配制的3%的过氧化氢溶液覆盖细菌。如果30s内冒出气泡，则表示此细菌含有触酶，属于阳性反应。超过30s为阴性。

②马尿酸水解试验

将待鉴定菌株，于1%马尿酸钠溶液中，制成2.0麦氏浓度（10⁸CFU/mL）菌悬液，于36℃±1℃，2.5%～5%CO₂培养箱培养2h后，沿管壁加入3.5%水合印三酮试剂，观察颜色变化。如果15min内，溶液出现蓝紫色至深紫色变化，为阳性反应。溶液无颜色变化或15min后出现颜色变化为阴性。

军团菌生化特性相对来说不明显，一般触酶（+），水解马尿酸（+）。

综上所述，在BCYE培养基上生长，而在BCYE-CYS（或血平板）上不生长者，如果镜下形态为浅红色的短杆状或丝状，触酶（+），水解马尿酸（+），可考虑该菌为高度可疑军团菌。

军团菌的生化特性相对不明显，生化试验鉴定结果仅作参考。除了上述传统方法，也可以通过微生物质谱、特异基因PCR检测、16sRNA基因测序的方法进行鉴定。