细菌的形态基本上只有球状、杆状和螺旋状三大类。

球状的细菌成为球菌，根据其相互联结形式分为单球菌、双球菌、四联球菌、八叠球菌、链球菌和葡萄球菌等；

杆状的细菌成为杆菌，常有短杆（球杆）状、棒杆状、梭状、梭杆状、月亮状、分支状、竹节状等，按杆菌细胞的排列方式则有链状、栅状、“八”字状以及有鞘衣的丝状等；

螺旋状的细菌成为螺旋菌，若螺旋不满一环成为弧菌，满2-6环的小型、坚硬的螺旋状细菌成为螺菌，旋转周数在6环以上，体大而柔软的螺旋状细菌称螺旋体。

杆菌最为常见，球菌次之，而螺旋状的最少，近年来还陆续发现少数如三角形、方形、圆盘形等细菌。

细菌的细胞极其微小又十分透明，一般对其进行染色后在光学显微镜下观察其形态和构造，在众多染色法中，革兰氏染色法最为重要，通过这一染色，将几乎所有细菌分为革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌两个大类，这两大类细菌在细胞结构、成分、形态、生理、生化、遗传、免疫、生态和药物敏感性等方面都呈现出明显差异，因此，革兰氏染色法是分类鉴定菌种的重要指标。

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