标准菌株的复苏、复壮或培养物的制备应按供应商提供的说明或按已验证的方法进行。复苏、复壮应选择营养成分丰富且全面的培养基，一般不使用选择性较强的培养基；特殊的一些菌株在普通的培养基上生长不好，可能还需添加生长因子。

标准储备菌株应进行纯度和特性确认。纯度确认包括：平板划线查看菌落形态、革兰氏染色、显微镜观察菌体形态等；关键特性确认可选择：特征生化反应确认、试剂盒鉴定、菌种鉴定仪鉴定等。需要注意的是，从开启、复苏、复壮到纯度和特性的确认，都应做好实验记录。

标准储备菌株保存时，可将培养物等份悬浮于抗冷冻的培养基中，并分装于小瓶中，药典建议采用低温冷冻干燥、液氮贮存、超低温冷冻（低于-30℃）等方法保存。低于-70℃或低温冷冻干燥方法可以延长菌种保存时间。菌种应设专人管理，菌种保藏的地点应采取一定的措施使非管理者不能轻易获取，例如加锁保管，双人保管等。

标准储备菌株可用于制备每月或每周1次转种的工作菌株。冷冻菌种一旦解冻转种制备工作菌株后，不得重新冷冻和再次使用。

从保藏机构获取的冻干菌种为0代菌种，每转接一次增加一代（1代是指将活的培养物接种到微生物生长的新鲜培养基中培养，任何形式的转种均被认为传代一次），工作菌株的传代次数应严格控制，不得超过5代，以防止过度的传代增加菌株变异的风险。