从平板上刮取新鲜纯培养物(此时菌种处于生长的稳定期)置于瓷珠菌种保存管中,配成菌悬液。被保存的菌种要是经过纯化后培养18~24h的新鲜菌种(一般细菌18~24h，酵母菌3天，形成孢子的微生物需要保存孢子，而放线菌和丝状真菌需培养7天后保存)，此时菌种活力强，冻存后易复苏。将瓷珠保存管拧紧，手动上下颠倒几次，使细菌达到乳化状态，均匀的吸附在瓷珠上。使用一次性无菌吸管或无菌移液器将菌种保存管内的液体全部吸取出。将菌株置于保存管中，拧紧保存管，迅速将保存管置于-20℃或-70℃的冰箱中。-20℃可保存1~5年，-80℃或液氮中可保存5~10年。保存厌氧菌，应该提供厌氧环境，可以通过通入氮气来驱除保存菌种时所引入的氧气。菌种复苏时，也要创造厌氧环境。瓷珠菌种保存管常用于食品微生物标准菌种保存、菌种复苏以及菌种运输。其操作简单快捷、储存包装物体积小、菌种保存时间长。