小肠结肠炎耶尔森菌属于耶尔森菌属。该菌属的致病性菌有:鼠疫耶尔森菌(Yersiniapestis)、假结核耶尔森菌(Yersinia pseudotuberculosis)和小肠结肠炎耶尔森菌(Yersinia enterocolitica);条件致病性或非致病性的耶尔森菌有:弗氏耶尔森菌(Yersinia frederiksenii)、中间耶尔森菌(Yersinia intermedia)、克氏耶尔森菌(Yersinia kristensenii)、伯氏耶尔森菌 (Yersinia bercovieri)、莫氏耶尔森菌(Yersinia moll aretii)、罗氏耶尔森菌(Y.rohdei)、阿氏耶尔森菌(Y.aldovae)和鲁氏耶尔森菌(Yersinia ruckeri)，如鲁氏耶尔森菌是引起鱼红口病的病原菌。

小肠结肠炎耶尔森菌病是一种全球分布的人兽共患病。到目前为止，已有40多个国家报道有小肠结肠炎耶尔森菌感染存在，北美洲、欧洲、日本及南半球的新西兰等国家和地区都是小肠结肠炎耶尔森菌病的高发地区，北欧斯堪的纳维亚半岛可能是人类小肠结肠炎耶尔森菌感染率最高的国家。小肠结肠炎耶尔森菌在人类以及所有温血的野生或家养动物中均有发现，几乎所有家畜家禽中都曾发现小肠结肠炎耶尔森菌的自然感染。猪是致病性小肠结肠炎耶尔森菌最主要的动物宿主。调查证实，啮齿动物与媒介昆虫都可能带菌。

小肠结肠炎耶尔森菌是一种食源性病原菌，主要通过粪-口途径传播。家畜和家禽的广泛感染和长期排菌，直接威胁着人类。接触感染动物的分泌物和排泄物，都可能造成人类小肠结肠炎耶尔森菌的感染。流行病学调查资料表明，被污染的奶制品、肉类、水产品、蔬菜、水果、水源等都可能作为经口感染的传播因子。小肠结肠炎耶尔森菌是少数可以在冰箱低温储存的食品中繁殖的细菌之一，因此小肠结肠炎耶尔森菌病又被称为“冰箱病”。该菌也可通过与患者或感染动物密切接触造成感染。2004年美国亦曾报道过一起血源性传播案例。

人群对小肠结肠炎耶尔森菌普遍易感，无明显性别、年龄差异。但感染后，以1~4岁、10~29岁年龄段发病为多，呈两个年龄组高峰，以前者为高，2/3发病者见于婴儿和儿童免疫功能低下者感染该菌，病情加重，易发生败血症、多脏器损害，病死率高。

小肠结肠炎耶尔森菌病一般以散发为主，一年四季均可发生，寒冷季节多发，这与该菌能在低温环境下长期存活有关。也偶见夏天发病比冬天更多的报道。

在20世纪80年代中期我国证实过两次大流行，造成500多人感染。我国亦首次报道了该菌引起的动物腹泻病的暴发。