由于菌株型别不同以及感染个体健康状况、免疫水平等不同，相应的临床表现也不同小肠结肠炎耶尔森菌病潜伏期一般为1~10d。小肠结肠炎耶尔森菌病可感染多个器官系统因此具有多种临床类型。

(1)肠炎型。肠炎型是最常见的临床类型。黄水样便、黏液便，重者可出现血便，某些患者常伴有腹痛和呕吐。

(2)类阑尾炎型(末端回肠炎)。类阑尾炎型表现为右下腹1/4处疼痛，临床上的一种急腹症。常被诊断为阑尾炎，但通常手术后发现阑尾正常，可见肠系膜淋巴结肿大。

(3)关节炎型。关节炎型是小肠结肠炎耶尔森菌感染引起的肠外型疾病，以成人为主，女性居多。典型表现是关节发病，一个接一个出现疼痛、肿胀和关节囊液渗出。有一半左右患者白细胞增高和血沉加速。目前研究结果证实，欧洲一些慢性反应性关节炎患者是由于小肠结肠炎耶尔森菌感染造成的。

(4)结节性红斑型。结节性红斑型是小肠结肠炎耶尔森菌感染的一种非特异性皮肤炎症反应。多发生在肠炎后1~2周，此类患者有40%的病例缺乏胃肠症状，女性居多，常见部位为腿的前部，其次为前臂。

(5)败血症型。败血症型不常见，但症状严重，病死率接近50%。急性型突然发病，多有寒战，伤寒样和疟疾样发热;肝、脾常肿大，多数患者有腹痛，预后不良。而亚急性患者在发病前几周常感到全身不适，有食欲减退和体重减轻的病史。