细菌的分型方法很多，常用的有血清分型、菌体分型、生化分型、脉冲场凝胶电泳(pulse field gel electropherosis,PFGE)分型、多位点序列分型(multilocus sequence typing，MLST)、多位点串联重复序列分析(multiple locus variable number of tandem repeatanalysis，MLVA)等。许多编码血清特异性的基因是可以水平转移的。因此，血清型相同的菌株不一定有遗传相关性。噬菌体分型技术在一些病原菌分析中仍然使用，但已经不具有普遍性。

在细菌性传染病实验室调查中，最常用的方法是PFGE。PFGE已经成为细菌性传染病实验室调查的“规定动作”。使用 PFGE方法分析不同分离菌株的相关性，可发现传染源、传播途径的分子证据或分子信息。需要说明的是，PFGE方法提供的信息，不能用于解释分离菌株的克隆性。

在细菌性传染病实验室调查中，MLST方法还没有成为“规定动作”，但应该成为“规定动作”，特别是一些重大疫情的调查，以及需要对疫情发展趋势进行分析的时候。这是因为 MLST方法提供的信息反映了分离菌株的克隆性、遗传相关性。在不久的将来，也许对分离菌株的 MLST分析，就像现在开展的血清分型一样，成为常规工作。以MLST分型为主、以血清型分析为补充的趋势，已经非常明显。

在一些情况下，MLVA方法比 PFGE 敏感，或者和 PFGE 方法同样敏感。因为和 MLVA方法相比，PFGE信息的获取需要标准化的实验室设备和操作步骤。

全基因组分析方法是发展方向，它能够提供更全面、翔实的信息。要对每一株现场分离菌株进行全基因组序列分析，似乎没有必要。但是，很有必要建立能够代表全基因信息的分型方法。随着基因组分析成本的下降和生物信息学分析技术的发展,这应该能够成为现实。

如果我们是对一次重大的社会影响或者具有重大公共卫生意义的细菌性传染病疫情进行实验室调查，PFGE、MLST、MLVA 和全基因组分析，都是应该开展的。